在正常的孵化管理中，蛋產出后盡管貯存時間較短，但也不可能立即入孵。因此，種蛋在放入孵化機前要經過一定時間的貯存。即使種蛋來源于優秀的種鴨群；又經過嚴格的挑選，品質優良的種蛋，如果保存條件較差，保存方法不當、對孵化效果均有不良的影響。尤其是在冬、夏兩季更為突出。因此，應給種蛋創造一個適宜的保存條件和方法。
（一）種蛋貯存室的要求。大型的孵化場應有專門的種蛋貯存室。貯存室要求隔熱性能良好、無窗式的密閉房間。此外，貯存室內還應配備恒溫控制的采暖設備以及制冷設備，配備濕度自動控制器。種蛋貯存室與鴨舍之間的距離越遠越好，同時應便于清洗和消毒。
（二）適宜的溫度和濕度種蛋保存的理想溫度為13-16度，但保存時間不同也有差異，保存在7天以內，控制在15度較適宜，7天以上以11度為宜。高溫對種蛋孵化率的影響極大，當保存溫度高于23度，胚胎開始緩慢發育，盡管發育程度有限，但由于細胞的代謝會逐漸導致胚胎的衰老和死亡；相反溫度過低，也會造成胚胎的死亡，影響孵化率，低于0度時，種蛋因受凍而失去孵化能力。應注意的是，不管在什么情況下，種蛋應存放在比較穩定的溫度環境中。因此，在貯存前，如果種蛋的溫度低于保存溫度，應逐步降溫，使蛋溫接近貯存室溫度。然后放入貯存室。溫度過高，蛋表面回潮，種蛋容易發霉變質，濕度過低，蛋內水分大量蒸發，勢必影響孵化效果、保存的濕度以近于蛋的含水量為好，貯存室內一般相對濕度控制在75-80%范圍內為宜。
（三）適宜的蛋位。保存一周內的種蛋，存放時的蛋位對孵化率或許只有較小的影響。為了使氣室保持適當位置，種蛋應以鈍端向上。如果每天轉蛋，鈍端向上保存之周以上的種蛋仍可獲得較好的孵化效果。鈍端向上可防止胚胎與殼膜的粘連，否則引起胚胎的早期死亡。保存期較長時，翻蛋的角度以大于90度為宜。
（四）適宜的保存期 保存期越短，對提高孵化率有利。隨著保存期的延長，孵化率會逐漸下降。孵化率的下降與季節也有很大的關系，即使有適當的保存條件，保存時間過長，也難以獲得理想的孵化效果。因為新鮮蛋的蛋白具有殺菌作用，長期保存后，蛋白的殺菌作用急劇下降；另一方面，保存時間過長，蛋內水分的過分蒸發，導致內部PH值的改變，各種酶的活動加強，引起胚胎的衰老，營養物質的變化及殘余細菌的繁殖，從而危害胚胎降低孵化率。種蛋如需較長時間的保存，可將種蛋裝在密封的塑料袋內，填充N2，密封后放在蛋箱內，這樣可阻止蛋內物質和微生物的代謝，防止蛋內水分的過分蒸發。如果保存期超過3-4周。仍可獲得70-80%的孵化率。種蛋長期保存時，每天翻蛋一次，也可延緩孵化率的急劇下降。